依据教纲教院组织规程，除了各级教院，并设立独立辅翌组织：

[社团法人中华民国宗教哲学研究社]

　　民国六十七年一月十五日奉准成立于台北。是年夏间，开始举办每月宗教学术讲座。出版宗教哲学月刊，宗教大同徵文比赛，颁发宗教大同奖，其目的是举办学术研讨会，促成海峡两岸宗教学术思想交流，促进宗教大同，而开启世界永久和平之门。

[社团法人中华民国红心字会]

　　民国七十七年九月二十八日教师节，中华民国红心字会在台北复会，以举办社会福利救济事业，发扬廿字精神为宗旨。已连续多年获内政部颁发绩优社团奖，曾得到宗教社服绩优团体第一名。民国七十七年曾代表　天帝教至大陆云南省赈灾。目前主要工作：受刑人家属服务、设置受刑人子女奖助学金、协助犯罪者回归家庭、老人居家服务。

[社团法人中华民国天帝教总会]

　　民国八十年成立。以结合信仰或赞同　天帝宇宙大道之社会大众，化除宗教门户之见，发扬　天帝教「不为自己设想，不求个人福报」之精神，迈向重建社会秩序，重整民族道德，以达宗教大同、世界大同、天人大同之终极目标为宗旨。主要工作是「宗教会通」。定期举办「宗教联谊会」。

[财团法人极忠文教基金会]

　　民国八十一年一月十九日成立，宗旨在发扬天帝教精神，传布宇宙大道，一方面发扬中华学术文化，针对「三民主义统一中国」目标，多做学术交流活动使两岸能在学术、文化上多增加接触，发生影响力，为国家、民族多做一些有积极意义的事。指示会务方向：推动海峡两岸文艺学术交流，邀请大陆学者、校长、一级演员、艺术家及台湾艺文界学这专家互访、座谈。每年举办海峡两岸宗教学术座谈。颁发学生奖助学金。

[中华民国宗教与和平协进会]

　　民国八十三年与天主教、佛教联合发起成立中华民国宗教与和平协进会，这是一个跨国际、世界性的组织，每年举办宗教与和平生活营，分享宗教经验，促成宗教的交流、欣赏与合作。